En l'an 2138, les jeux de réalité virtuelle sont en plein essor. Yggdrasil, un jeu en ligne populaire, est discrètement fermé un jour. Cependant, un joueur nommé Momonga décide de ne pas se déconnecter. Momonga est alors transformé en l'image d'un squelette en tant que "sorcier le plus puissant". Le monde continue de changer, les personnages non-joueurs (PNJ) commençant à ressentir des émotions. N'ayant ni parents, ni amis, ni place dans la société, ce jeune homme ordinaire Momonga s'efforce alors de conquérir le nouveau monde qu'est devenu le jeu.