L'histoire se déroule en 1923. Les vampires existent depuis déjà quelques temps. Mais un mystérieux virus, une source de sang artificielle appelée "Ascra", fait croître leur nombre. Afin de le contrer, le gouvernement a créé au sein de l'armée "Code Zero", une unité utilisant des vampires pour combattre les vampires. Historiquement créée par le lieutenant-général Nakajima, cette unité était chargée de récolter les informations de guerre. Désormais assignée a la chasse aux vampires, l'unité Code Zero a pour mission de stopper le mystérieux virus, avant que celui-ci ne provoque l'effondrement de la société.