La souris Brisby a élu domicile avec ses petits dans le champ du fermier Fitzgibbons. Depuis la mort de son mari, Jonathan, la maman souris tente, non sans mal, de surmonter les difficultés de la vie. Lorsque Fitzgibbons décide de labourer son champ, c'est la panique. L'habitation des rongeurs est menacée. Le petit Timothée, atteint d'une pneumonie, contraint la famille à rester. Brisby tente par tous les moyens d'empêcher le désastre. Désespérée, elle va demander assistance à une bande de rats, rescapés d'un laboratoire et rendus intelligents à la suite d'une expérience secrète tentée sur eux...